Старообрядцы, гонимые царскими властями России, поселялись в деревнях и весях Литвы: Рустейках, Капустине, Тумишках, Дервонишках, Урвишках, Шаулях и др. Позже стали объединяться в общину, создание которой отмечено 1890 г. Долго чинились препятствия властей, не давали разрешения на строительство храма. Наконец, было получено разрешение, но не было достаточно средств на строительство храма. Собирали всем миром. В 1908 г. Был построен молитвенный дом.
До этого прихожане молились в жилых домах.

Первым духовным наставником стал Григорий Селиванов, а продолжателем был Тимофей Яковлевич Грищенко. Началась I мировая война, и храм бездействовал с 1915 по 1919 годы. С 1922 по 1924 годы обязанности наставника исполнял Федор Тимофеевич Грищенко. Сменил его в 1924 г. Никифор Макеев, прослужив до 1937 года.

Затем духовным наставником стал Карп Кириллович Черняков (1937–1943 гг.). В 1943 г. Духовным наставником был избран Софроний Афанасьевич Сапожников, который был человеком нелегкой судьбы. «Меч духовный» (№ 10) уже писал, что его семья трагически пострадала. При пожаре сгорели его жена и трое детей, а двоих не было дома, и они остались живы. Любили прихожане Софрония Афанасьевича за доброту и отзывчивость. Умер наставник в 1959 году, похоронен на родине, на старообрядческом кладбище в деревне Тумишки Зарасайского района.

С 1960 г. В Рустейском храме не было духовного наставника. Богослужения совершали причетники. Кирик Сапожников, Иосиф Грищенко, Федор Рыбаков и Евдокия Софроновна Сапожникова-Самохвалова.

С 1990 г. в храме службы прекращены, так как он дважды был ограблен. Украли иконы и книги.

В настоящее время создан новый Совет общины, который пытается найти средства на ремонт храма.

В 2008 году храму исполяется 100 лет. Прихожане надеются приложить все усилия и к юбилею произвести ремонт храма. Юбилейный храмовый праздник общины Свято-Покровского храма в Рустейках состоится 14 октября 2008 г.